A FMU foi credenciada como Centro Universitário em mais uma demonstração de seu compromisso com a qualidade acadêmica.

Em 23 de março de 1999, por meio do decreto sem número, A FMU transformou-se em Centro Universitário.

Os Centros Universitários, assim como as Universidades, têm graduações em vários campos do saber e passam a ter independência para criar cursos no ensino superior. Além disso, detém autonomia para emitir e reconhecer diplomas de seus formandos.

Para atingir esse status, foi preciso garantir um terço do corpo docente com mestrado ou doutorado e ter, pelo menos, um quinto dos professores contratados em regime de tempo integral. Neste patamar, é motivo de muito orgulho para a FMU fazer parte de um seleto grupo de Instituições de Ensino Superior certificadas como Centros Universitários no Brasil.